南开大学日本研究院是现今全国高等院校中唯一的院级综合日本研究和高层次人才培养实体机构，被称为中国日本研究的重镇。日本研究院是在1964年吴廷璆先生创建的历史系日本史研究室、1988年成立的日本研究中心的基础上发展起来的。研究院现有专职研究人员14人。其中教授6人、副教授6人、讲师2人，全员具有博士学位。另有图书资料和管理人员5人。研究院采取以专职研究人员为主、以校内外兼职研究人员为辅，两者有机结合的科研及教学体制。行政上为直属学校的中层科研机构。现任院长刘岳兵教授。

日本研究院由日本历史文化、日本经济、日本政治及对外关系三个研究部，以及《南开日本研究》编辑部、办公室、资料室组成。

历史文化研究部（部长赵德宇）有9名研究人员，主要从事日本通史、断代史以及专门史的研究和教学，是日本研究院中历史最为悠久和实力最强的学科。1994年吴廷璆先生主持的百万字《日本史》，被学界公认为新中国成立以来最高水平的日本史通史著作，推出20年长盛不衰，至今仍不断再版出版，俞辛焞、米庆余教授的日本外交史研究、王家骅教授的日本儒学研究，武安隆教授的日本文化史研究、王振锁教授的战后日本政治史研究，都享誉国内和日本学界。2010年出版的由杨栋梁教授主持的10卷本《日本现代化历程研究》丛书，是集全院之力、费时十年完成的最新标志性成果，受到国内学界和日本学界的高度评价，被评为天津市社科一等奖。2012年，杨栋梁教授主持的教育部社科重大攻关项目成果《近代以来日本的中国观》（6卷）出版，在学术界也得到很高评价，体现出南开日本史研究的实力。此外，杨栋梁教授的日本经济史研究、李卓教授的日本社会史研究、赵德宇教授的日本文化史研究、宋志勇教授的中日关系史研究、刘岳兵教授的日本思想史研究等也都取得了丰硕成果，受到学界很高评价。年轻一代中臧佩红副教授的日本教育史研究以及温娟副教授的近代日本农村研究、刘轩副教授的日本经济史研究、王玉玲博士的日本中世文化研究也都取得良好成果，引人注目。

日本经济研究部（部长莽景石）有3名研究人员，主要从事日本经济、日本经营、日本金融等领域的研究和教学。经济研究部是研究院的新兴学科，莽景石教授的日本经济研究，郑蔚副教授的日本金融研究、张玉来教授的日本企业经营研究，都取得了很高水平的研究成果，受到学界肯定。

日本政治和对外关系研究部（部长乔林生）也是研究院内的一个年轻集体，有4名研究人员，主要从事日本政治、外交和中日关系等领域的研究和教学。宋志勇教授的中日关系史和日本外交研究、乔林生副教授的日本政治及政党研究、尹晓亮副教授的日本经济外交及能源政策研究，在学界都有一定影响，前景广阔。

院刊《南开日本研究》（主编刘岳兵）是2010年由原《日本研究论集》发展而来的综合日本研究学术刊物，刊载国内外学者有关日本研究的最新研究成果，现已出版 20期，在我国日本研究学界有较高影响。

研究院招收世界史（日本史方向）和世界经济（日本经济方向）的硕士、博士研究生，招收国际政治（日本政治、外交方向）的硕士研究生，其中日本史是国内最早拥有博士学位授予权的单位。五十年来，为国家培养了大批从事日本研究和其他领域的高端人才。

在基础设施方面：拥有2000平方米办公和科研、教学专用楼房。资料室藏书4万多册，包括“国际交流基金文库”、“家永文库”等重要藏书。还订有中外杂志、报纸20多种，满足了研究和教学的基本需要。